Der 14-jährige Shinji landet nach der kompletten Vernichtung Japans durch einen "Second Impact" in Neo Tokyo 3. Dort schließt er sich der Widerstandsorganisation "Nerv" an, zur Verteidigung der Erde gegen die feindseligen "Engel", riesige Kreaturen, denen sogar Nuklearwaffen nichts ausmachen. Die Hauptwaffe von "Nerv" sind die "Evangelions", geklonte Kampfroboter, die von Kindern per Gedankenschmelze gesteuert werden. Die neue Evangelion-Pilotin Mari und ihre "Nerv"- Mitstreiter können zunächst weitere Attacken abwehren, während sich der "Third Impact" unaufhaltsam nähert. Falls dieser eintreten sollte, würde sich das Schicksal der Menschheit unumkehrbar verändern…